Su relación con Jujuy se inició en 1812 cuando fue enviado por el gobierno de Buenos Aires para hacerse cargo de los restos del Ejercito Auxiliador del Perú, que había sido derrotado en Huaqui en 1811.
Él mismo cuenta que encontró a los pueblos maldispuestos con la Revolución y los revolucionarios, pero su actitud respetuosa con las comunidades y su carisma lograron revertir esa imagen negativa al menos en una parte de la población.
Belgrano tuvo evidentemente una predilección por Jujuy. En la plaza de este pueblo hizo jurar por primera vez la bandera nacional y en su iglesia matriz hizo bautizar la bandera nacional recién creada en 1812. En 1813 obsequió a los jujeños la Bandera Nacional de la Libertad Civil y su pedido de conservarla con el honor y el valor demostrado en las victorias de Tucumán y Salta, ha sido cumplido cabalmente.
Pero su imagen conduciendo a los jujeños en el Éxodo es quizás la que más ha calado en la memoria colectiva de Jujuy y el hecho por el que es más recordado.
La donación del premio por el triunfo de Salta para que se dotara una escuela en Jujuy y en otras tres ciudades, es también sin duda un gesto que robusteció esa relación.
En documentos de la época, los cabildantes de Jujuy se expresan con un enfático reconocimiento al general. Por ejemplo, en el acta de recepción de la Bandera Nacional de los Libertad Civil afirman que la generosidad de Belgrano será reconocida por las generaciones venideras.
Después de las derrotas de Vilcapugio y Ayohúma, en el Alto Perú, Belgrano no volvió a Jujuy, pero desde Tucumán donde el ejército patriota por orden del gobierno central se mantuvo acantonado, siguió influyendo y ayudando dentro de sus posibilidades a los salteños y jujeños que resistían a los realistas.
Es notable que a lo largo del siglo XIX y comienzos del siglo XX aparezcan proyectos e iniciativas que buscaban perpetuar su memoria, cuidar su legado o cumplir con su voluntad, antes que el Centenario de la Bendición y Jura de la Bandera Nacional de 1912 pusiera la atención en la figura del conductor del Éxodo.
Una expresión de esos sentimientos fue la creación de la Escuela N° 1 “General Manuel Belgrano” en 1896, por iniciativa del gobernador Manuel Bertrés, quien en el decreto de creación dispuso que la institución llevara el nombre del prócer, poniendo de relieve la “deuda de gratitud” que Jujuy mantenía con el patricio por no haber podido mantener vivo aquel su noble deseo.
Otra evidencia significativa de la conexión entre Belgrano y Jujuy es que unas de las primeras mujeres jujeñas que aparecen participando de una iniciativa política en el ámbito de lo público lo hacen en 1906 gestionando autorización de la Legislatura para que se construyera un monumento al creador de la bandera nacional.
El nombre de Belgrano está presente en numerosas calles, paseos y edificios de toda la Provincia, dando cuenta de una necesidad de reconocimiento que el tiempo, lejos de diluir, robustece en cada conmemoración del 20 de junio o del 23 de agosto.